O programa PAE é regulamentado pela PORTARIA GR Nº 3588, DE 10 DE MAIO DE 2005 (D.O.E. - 11.05.2005), que substituiu as portarias PORTARIA GR Nº 3347, DE 06 DE JUNHO DE 2002 (D.O.E. - 07.06.2002) e PORTARIA GR Nº 3423, DE 07 DE MAIO DE 2003 (D.O.E. - 09.05.2003).
 
Abaixo, estão listados pontos de destaque tanto do regulamento quanto da organização do PAE-USP a serem lidos com atenção.
 

• A participação no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino é obrigatória para todos os alunos com bolsa da CAPES. Os alunos de mestrado devem, obrigatoriamente, cursar a disciplina de preparação pedagógica e os alunos de doutorado, para além da disciplina, devem realizar, no mínimo, um Estágio Supervisionado em Docência;
   
• O(a) aluno(a) que comprovar a realização do estágio de docência no mestrado fica dispensado dessa obrigatoriedade no doutorado;
   
• Não serão aceitas inscrições de alunos que estejam em vias de defender o mestrado/doutorado, pois o programa destina-se a pós-graduandos regularmente matriculados.
   
• O auxílio financeiro mensal, no valor de R$ 641,96 (seiscentos e quarenta e um reais e noventa e seis centavos) atualmente, poderá ser concedido por, no máximo, quatro semestres para cada aluno(a), limitando-se a, no máximo, dois semestres para os alunos matriculados no mestrado. Nenhum(a) aluno(a) poderá ser estagiário(a) da USP por mais de 2 anos. Portanto, alunos que já realizaram outros estágios na Universidade de São Paulo (por exemplo, no projeto Estação Ciência) devem descontar o tempo destes estágios do tempo total em que poderão ser remunerados no Programa PAE. Por exemplo, um(a) aluno(a) que tenha trabalhado durante 6 meses no projeto Estação Ciência só poderá fazer 3 semestres de Estágio PAE remunerado. 
   
• Não existe um número fixo de bolsas distribuídas pela Reitoria; inclusive, nos últimos semestres, este número tem caído devido às restrições orçamentárias da Universidade. Os alunos que acabarem ficando em lista de espera, ou que já tiverem cumprido o número máximo de estágios remunerados, serão considerados estagiários voluntários e terão os mesmos deveres dos bolsistas, dentre os quais estão a entrega da folha de frequência (entregue mensalmente à Secretaria) e do relatório de avaliação ao final do estágio.
   
• O Estágio Supervisionado em Docência será desenvolvido em disciplina de graduação e não poderá exceder 6 (seis) horas semanais. O(a) estagiário(a) pode, sob supervisão do(a) docente responsável, participar de seminários, de experimentos de laboratório, estudos dirigidos e discussão de tópicos em pequenos grupos, bem como organizar e participar de plantões para elucidar dúvidas, aplicar provas e exercícios, ou auxiliar na preparação de material didático. É terminantemente vedado à/ao estagiário(a) substituir o(a) docente nas aulas teóricas.
   
• Por decisão da Comissão PAE, alunos de outros programas de pós-graduação (como os do IPEN) serão aceitos apenas se sobrarem vagas, mesmo que o estágio seja em disciplina do IFUSP. Os alunos do programa interunidades em ensino de ciências se encaixam na mesma regra, até que o tratamento a ser dado a este programa de pós-graduação seja esclarecido na Reitoria. O compromisso da comissão PAE-IF é de que eles sejam os primeiros colocados entre os alunos que não pertencem ao programa regular em física.

Para consulta:

Portaria GR 4391-2009
Diretrizes do PAE