Nosso Cluster

Aplicativo Ganglia para acompanhamento do Cluster 

   

Acesso ao cluster: Entrar no <Terminal> ou prompt de comando:

C:\Users\FEP>(área de acesso fornecida pelo administrador)

Digitar: ssh grenac-hpc.if.usp.br  <senha fornecida pelo administrador> 

Após fazer login na grenac, você pode acessar os nodes via "ssh node01" "ssh node02" "ssh node03" etc
 
Se for rodar algum programa paralelizado você pode rodar um script tipo assim:
 

#!/bin/bash

echo "Running mpi? yes or no."


read MPIOPT

if [ "$MPIOPT" = "yes" ] ; then echo "Enter the number of processors and input files for example1 and example2."

 

# ex: 120 alpha beta
 

read N input1 input2 mpirun -np $N -hostfile host.file ./example1.exec input/$input1./example2.exec input/$input2
 

elif [ "$MPIOPT" = "no" ] ; then echo "Enter the input files for cascade and mcef."
 

read input1 input2
 

./example1.exec input/$input1
 

./example2.exec input/$input2
 

fi

 
 
Caso queria rodar seus programas em fila, o grenac possui o SUN GRID ENGINE como gerenciador de filas, é parecido com o PBS/Beowolf, mas o job é mais parecido com um arquivo batch tradicional do linux...
 
# serial.job

#!/bin/bash -l

# 1. Forcar o bash shell para executar a sessao.
#$ -S /bin/bash

# 2. Requisitar 24 horas de execucao (format hours:minutes:seconds).
#$ -l h_rt=24:0:0

# 3. Requisitar 4GB de RAM (must be an integer)
##$ -l mem=4G

# 4. Setar o nome do job.
#$ -N exemplo1

# Cria um diretório na area de scratch do nó para execução do JOB.
mkdir -p /scratch/renan/$JOB_ID
cd /scratch/renan/$JOB_ID

# Copia programas/arquivos do seu HOME para o scratch do node.
cp -R $HOME/MEUPROGRAMA /scratch/renan/$JOB_ID/

# Entra na pasta do seu PROGRAMA
cd /scratch/renan/$JOB_ID/MEUPROGRAMA/

Para executar um programa e guarda as mensagens da tela em out.txt


./seu-programa.exe dados.dat > out.txt

# Printa os detalhes do JOB em um arquivo TXT
echo $JOB_ID >> out.txt
echo $JOB_NAME >> out.txt
echo $HOME >> out.txt

#Move todos os arquivos gerados no scratch para o HOME do usuário
mv out.txt $HOME/out-$JOB_ID.txt
tar -zcvf $HOME/files-from-job-$JOB_ID.tar.gz /scratch/renan/$JOB_ID
sleep 200

#limpa o scratch
rm -rf /scratch/renan/$JOB_ID
exit 0

 
Pra colocar o job na fila basta dar um qsub serial.job, para ver o status do job qstat, pra remover qdel $ID...
 

                             Entendendo o Programa CRISP