O uso do LAMFI é livre e está disponível para pesquisadores de todo o país (dentro e fora da universidade). O Comitê Gestor define a política de uso do LAMFI, a distribuição do tempo de máquina, avalia o desempenho do Laboratório e delibera sobre novos projetos e equipamentos multiusuários. Reclamações sobre o uso ou acesso ao LAMFI podem ser enviadas a qualquer membro do Comitê Gestor. O Comitê Gestor do LAMFI é composto por cinco membros do IFUSP e dois da EPUSP.