A governança do INCT será de responsabilidade do coordenador, do vice-coordenador e do Comitê Gestor. Esse Comitê será composto pelas principais lideranças da comunidade nacional de Física de Altas Energias que desenvolvem pesquisas no CERN, incluindo os membros do Comitê Técnico Científico da Rede Nacional de Física de Altas Energias (RENAFAE) que atuam nas colaborações desse laboratório. Caberá aos membros do Comitê Gestor:
- acompanhar o andamento das várias atividades do INCT, programas e ações com o objetivo de definir a alocação de recursos recebidos em cada etapa do desembolso;
- supervisionar a elaboração de propostas e projetos para serem submetidos a empresas e fundações de apoio a pesquisas, nacionais ou internacionais;
- propor ao CNPq, quando necessário, alternativas e ajustes no projeto e na implementação das políticas, programas e ações do INCT, com foco nos resultados;
- supervisionar a elaboração dos relatórios de execução da proposta aos 24 e 48 meses;
- participar dos seminários de avaliação do CNPq, quando estes forem solicitados;
- participar das fiscalizações in loco do CNPq sobre a utilização dos recursos durante a vigência do processo;
- avaliar e aprovar a prestação de contas periódicas elaborada pelo coordenador do projeto e avaliar e
- aprovar o Relatório de Execução do Objeto – REO, ao término do projeto.
De forma a ressaltar a transversalidade das ações, INCT de Física de Altas Energias CERN-Brasil adotará uma abordagem temática estruturada em Grupos de Trabalho (GT), a fim de organizar e agregar os participantes em torno de atividades e objetivos específicos comuns, buscando fortalecer os vínculos entre os pesquisadores brasileiros de diferentes colaborações do CERN e diferentes instituições do país.
- elaborar um cronograma para cada objetivo previsto para o seu GT e apresentá-los ao Comitê Gestor;
- acompanhar o desenvolvimento dos cronogramas (projetos) do GT;
- organizar encontros periódicos entre os membros do GT para apresentação e discussão de resultados e para estimular a interação entre os participantes do grupo;
- organizar e apresentar propostas de alocação de recursos e ajustes de rumos dos objetivos e projetos do GT para o Comitê Executivo e o Comitê Gestor;
- apresentar periodicamente os resultados parciais dos projetos do GT ao Comitê Executivo e o Comitê Gestor.