A Comissão de Pesquisa (CPq) é o órgão responsável pelo acompanhamento e estímulo das atividades de pesquisa. Com o objetivo de apoiar as atividades de pesquisa, de forma a manter e até mesmo elevar o padrão de excelência acadêmica, a CPq, em conjunto com a Pró-Reitoria de Pesquisa, promove e coordena diversas ações nas formas de programas e apoios, entre elas, o Programa de Iniciação Científica e o Programa de Pós-Doutoramento. A CPq também promove, anualmente, os Simpósios de Iniciação Científica-SIICUSP, o Curso de Verão e coordena os Colóquios do IFUSP.
De acordo com o Regimento do IFUSP, compete à CPq zelar pela liberdade de criação individual na atividade de pesquisa; acompanhar os programas de pesquisa de natureza institucional, assessorar os colegiados e a diretoria, quando solicidada, em matérias relacionadas às atividades de pesquisa; estimular atividades de cooperação científica, em nível nacional e internacional; colaborar na elaboração do relatório anual do IFUSP, na parte referente às atividades de pesquisa; promover atividades de pós-doutoramento; deliberar sobre matérias que lhe sejam submetidas pelo Conselho de Pesquisa; exercer as demais funções que lhe forem conferidas pelo Congregação e CTA, bem como as decorrentes de normas estabelecidas pelo Conselho de Pesquisa; e manter atualizado o cadastro das atividades de pesquisa levadas a efeito na instituição..
