A Comissão de Pesquisa e Inovação (CPqI) é o órgão responsável pelo acompanhamento e apoio das atividades de pesquisa. Em conjunto com a Pró-Reitoria de Pesquisa, a CPqI promove e coordena, no Instituto de Física, os programas de Iniciação Científica, de Pós-Doutoramento e de Pesquisador Colaborador, além de organizar o ciclo de palestras do Colóquio IFUSP e, anualmente, a Escola de Inverno do IFUSP (antigo Curso de Verão). A CPqI também organiza a edição anual do Simpósio Internacional de Iniciação Científica e Tecnológica da USP (SIICUSP) com os projetos dos alunos orientados pelos docentes do Instituto.
De acordo com o Regimento do IFUSP, compete à CPqI zelar pela liberdade de criação individual na atividade de pesquisa; acompanhar os programas de pesquisa de natureza institucional, assessorar os colegiados e a Diretoria, quando solicitada, em matérias relacionadas às atividades de pesquisa; estimular atividades de cooperação científica, em nível nacional e internacional; colaborar na elaboração da parte referente à pesquisa no relatório anual do IFUSP; promover atividades de pós-doutoramento; deliberar sobre matérias que lhe sejam submetidas pelo Conselho de Pesquisa e Inovação da USP; exercer as demais funções que lhe forem conferidas pelo Congregação e pelo Conselho Técnico Administrativo, bem como as decorrentes de normas estabelecidas pelo Conselho de Pesquisa e Inovação; manter atualizado o cadastro das atividades de pesquisa levadas a efeito no Instituto.
